Kláštor zanikol rozhodnutím Jozefa II. z roku 1786, ktorým sa rušili mnohé uhorské kláštory nevykonávajúce charitatívnu alebo vzdelávaciu činnosť. Františkáni objekt opustili začiatkom roka 1787, neskôr slúžil ako útulok pre vojnových invalidov, ale čoskoro úplne spustol, inventár bol prenesený do okolitých kláštorov, obcí, ba aj do Budína a Rakúska a od začiatku 19. storočia kláštor chátral. Pravdepodobne v tom období došlo ku strhnutiu striech novým vlastníkom pozemkov grófom Pálffym, ktorý ich údajne použil na zastrešenie svojich maštalí. Tým bol objekt vydaný napospas svojmu osudu a nasledoval svojou prirodzenou deštrukciou osudy mnohých stavieb - predovšetkým hradov, ktoré sa dodnes na našom území zachovali už len ako torzá pôvodnej architektúry. Ku deštrukcii pomohli i obyvatelia okolitých dedín, ktorí väčšiu časť kláštora, vystavaného z pálenej tehly, kompletne rozobrali ako lacný stavebný materiál.