Kláštor sv. Kataríny bol založený v r. 1618 ako kláštor Menších bratov františkánov Mariánskej provincie písomným rozhodnutím grófa Krištofa Erdődiho, ktorý venoval františkánom i okolité pozemky a ako podporovateľ zabezpečil výstavbu aj chod kláštora. Kláštorný komplex vznikol na mieste údajných zjavení sv. Kataríny, kde stála kamenná murovaná kaplnka (rozmery 8x7m) archeologickým výskumom datovaná zatiaľ do prvej polovice 15. storočia, je však pravdepodobné že je staršia. Kaplnku nahradil začiatkom 17. storočia podstatne väčší objekt kostola (pôdorysné rozmery 52x13.5m, výška veže bez strechy dosahuje 30m), pričom presbytérium kostola je postavené na základoch tejto zaniknutej kaplnky. Orientácia kostola oproti kaplnke sa zmenila v smere osi sever-juh. Podľa prof. J. Šimončiča bol staviteľom kláštorného komplexu v prvej polovici 17. storočia Pietro Spazzo – známy staviteľ trnavského univerzitného kostola. Do kláštorného komplexu okrem kostola patrili dve kvadratúry kláštora s dvoma rajskými dvormi , rybník, záhrada, cintorín, sedem kaplniek, krížová cesta a hospodárske stavby vrátane hostinca. Samotný objekt kláštora dosahoval úctyhodné rozmery v pôdoryse cez 50 x 90 m.